El presidente Roberto Duterte, elegido en mayo de 2016, emprendió una sangrienta guerra contra el tráfico de drogas, en la que apoya las ejecuciones extrajudiciales. Los sospechosos son dados de baja en las calles por fuerzas del orden y sicarios. La Policía ejecutó, entre junio de 2016 y enero de 2017, a 2551 personas. A esto se añaden cerca de 4000 muertes en circunstancias inexplicables, según las autoridades. Amnistía Internacional denuncia un posible crimen contra la humanidad y una guerra contra los pobres.

Esta lucha contra el tráfico de drogas contribuye al aumento de la población reclusa; las cárceles, cuya tasa de ocupación es la más elevada de Asia, se encuentran en una grave situación de hacinamiento. Algunos centros de detención de menos de 100m² acogen a varios cientos de personas. En muchas ocasiones, es imposible cerrar las celdas debido a la sobrepoblación. Las personas no disponen de camas y tienen que dormir en el suelo en las zonas comunes. La gran mayoría de los reclusos está en prisión preventiva. La justicia es ineficaz. Las comisarías retienen a las personas durante días, incluso meses, en celdas inadecuadas.

La cantidad de personal es insuficiente. La gestión de los principales establecimientos se comparte con las pandillas, lo que crea un clima de violencia.

Los edificios están en ruinas, las instalaciones sanitarias son defectuosas y las enfermedades se propagan debido al hacinamiento y a la falta de ventilación y agua potable. Una epidemia de cólera se desató, en julio de 2016, en la cárcel de Quezón. Los presos mueren de tuberculosis y otras enfermedades respiratorias.

Los presos políticos son numerosos. Los conflictos armados entre el Gobierno y los grupos comunistas o islamistas persisten, lo que provoca que se cometan actos de tortura y se lleven a cabo detenciones arbitrarias y secretas.