El MNPT está compuesto por diez relatores —cinco titulares y cinco suplentes— y un Consejo consultivo compuesto por personas de la sociedad civil.
La dotación presupuestaria para el año 2015 fue de 10 millones de quetzales (1.25 millones USD)
El MNPT proyecta, en el futuro, establecer delegaciones en diferentes regiones del país.
La Asociación para la Prevención de la Tortura (APT) señaló como obstáculo para el buen funcionamiento del MNPT la falta de experiencia de los miembros en el ámbito médico y legal. Los relatores actuales no presentado resultados desde que asumieron sus cargos.
El Subcomité para la Prevención de la Tortura de la ONU realizó su primera visita a Guatemala entre 11 y el 20 de mayo de 2015. El informe que resultó de la visita se mantuvo confidencial por órdenes del Gobierno guatemalteco. El SPT señaló públicamente lo que llamó “los disfuncionamientos” del MNPT, sin dar especificaciones, debido a la confidencialidad del informe.
