Las enfermedades más comunes en prisión están cólera y tuberculosis. Esta enfermedad, cuyo riesgo de contagio es de cuatro a cinco veces mayor en la prisión que al exterior, causa diariamente la muerte a una media de 63 filipinos.
Los problemas de salud son frecuentes y sobrevienen principalmente debido a la falta de agua potable y a las condiciones sanitarias deficientes. La mala ventilación y la sobrepoblación también favorecen los riesgos de contraer enfermedades; muchos de los fallecimientos son causados por enfermedades pulmonares¹.

Sin embargo, el presidente Roberto Duterte, que a lo largo de su campaña electoral manifestó su intención de poner fin al tráfico de drogas mediante la ejecución de decenas de miles de personas, busca restablecerla.

Amnistía Internacional publicó el 31 de enero de 2017, un informe acerca de las numerosas ejecuciones sumarias ordenadas por el Gobierno. La policía e incluso los ciudadanos están autorizados a matar a toda persona sospechosa de vender o consumir drogas. Las cifras oficiales contabilizan, desde la llegada al poder de Duterte, 2551 muertes a manos de la policía y cerca de 4000 en circunstancias inexplicables.

Las víctimas suelen estar indefensas y son dadas de baja incluso después de haberse rendido; a veces se trata de niños. Las personas son denunciadas por terceros y ninguna investigación se lleva a cabo antes de su ejecución. La policía fabrica pruebas, saquea a las víctimas, redacta informes de incidentes falsos y contrata a sicarios para encargarse de las ejecuciones.

Amnistía Internacional denuncia un posible crimen contra la humanidad. Esta es una guerra en la cual los pobres son el objetivo. La organización describe una “economía del asesinato.” Los policías son remunerados —en efectivo y en secreto— tras cada enfrentamiento, con un precio por persona implicada. En cambio, no reciben ninguna bonificación por las detenciones.

Los presos políticos se encuentran, en su mayoría, en prisión preventiva y son encarcelados con los demás reclusos, en las mismas condiciones. Las organizaciones centran sus esfuerzos en la defensa de las personas que han sido encarceladas por motivos políticos pero que enfrentan cargos penales. El Gobierno y las organizaciones de derechos humanos no tienen la misma definición de “preso político”. Las autoridades suelen fabricar pruebas falsas y mantener a los reclusos por un tiempo superior a la duración de su pena.

A finales de 2015, la Oficina de Administración de Prisiones y Penología (BJMP) y la Oficina Correccional contabilizaron 1326 presos políticos, acusados de delitos contra la seguridad nacional. La BJMP cuenta entre ellos a los reclusos de alto riesgo acusados de infracciones asociadas a una opinión política, que son recluidos en un módulo especial de máxima seguridad, y que pertenecen a grupos políticos —a menudo armados— en conflicto con el Gobierno: el Partido Comunista de Filipinas (PCP), el Nuevo Ejército del Pueblo (NPA), el Frente Nacional Democrático (NDF), el Frente Moro de Liberación Islámica (MILF), el Grupo Abu Sayyaf (ASG), Jemaah Islamiya (JI) y otros grupos de extrema derecha y de extrema izquierda.

Las mujeres son detenidas en differentes establecimientos. El único establecimiento penitenciario destinado exclusivamente para las mujeres es la Institución Correccional para Mujeres de Mandaluyong, que presenta altos índices de hacinamiento: en abril de 2015, acogió a 2273 reclusas en 1500 plazas. En estas instalaciones, las celdas “individuales” tienen cuatro camas y las zonas comunes tales como el vestíbulo y la cafetería terminan transformándose en dormitorios¹.
La Oficina de Administración de Prisiones y Penología (BJMP) acoge a las mujeres en 459 de sus establecimientos penitenciarios.

El Comité de las Naciones Unidas contra la Tortura denunció durante el Examen Periódico, el 28 de abril de 2016, los actos de violencia infligidos a las personas detenidas, quienes suelen ser objeto de puños, patadas, descargas eléctricas e intentos de ahogamiento. Una relatora de la Comisión declaró: “Las personas detenidas son torturadas con los métodos más abyectos”, y atribuyó dichos abusos a la mala organización de la justicia, a la ausencia de un registro sistemático de los prisioneros y a la trasgresión del derecho a la defensa.
Existen lugares secretos de detención que sirven como escenarios de torturas (ver Detención arbitraria y secreta). La Comisión de Derechos Humanos de Filipinas descubrió un sitio ubicado en la provincia de Laguna en el que la policía usaba una ruleta para elegir el método de tortura que aplicaría a cada persona detenida¹. Las investigaciones del Gobierno, iniciadas en 2015, aún no han progresado.