Existen principalmente tres tipos de establecimientos penitenciarios: los establecimientos para penas cortas, las prisiones nacionales y las granjas penales.

• Los establecimientos para penas cortas comprenden las cárceless regionales, departamentales y municipales (district, city and municipal jails). Estos albergan a las personas en prisión preventiva y las que han sido condenadas a penas inferiores a tres años, y son administrados por la Oficina de Administración de Prisiones y Penología (BJMP), que se encuentra bajo la responsabilidad del Ministerio del Interior y Administración Local.
• Hay dos tipos de establecimiento penitenciarios: las prisiones nacionales y las granjas penales. Las granjas penales, administradas por la Oficina de Administración de Prisiones y Penología, se encuentran por lo general en islas, en las que los reclusos pueden vivir en espacios abiertos de varias centenas de hectáreas. Allí se recibe a personas condenadas a penas superiores a tres años. Las granjas penales son establecimientos abiertos.

Las granjas penales están ubicadas en islas. Su insularidad permite a los detenidos moverse libremente dentro de la institución sin riesgo de fuga. El resto de las cárceles se encuentran en todo el archipiélago filipino.
Algunas prisiones se encuentran dentro de edificios vetustos y precarios. La prisión de Kidapawan, por ejemplo, es una antigua escuela deteriorada ubicada en una zona forestal alejada¹; otras son pequeños pueblos construidos en islas, como el centro de detención y de rehabilitación, en Negros oriental, Dumaguete o el penal para mujeres de Davao.

Las personas también permanecen detenidas en las celdas de las comisarías de la Policía Nacional de Filipinas. La Comisión de Derechos Humanos realizó, entre octubre de 2014 a febrero de 2015,varias visitas a las comisarías de la capital. La detención de las personas que se encuentran en estos lugares —durante la custodia policial o las investigaciones preliminares— suele prolongarse debido a la lentitud y a la congestión de la justicia. El periodo legal autorizado, de máximo 36 horas, puede durar días e incluso meses, lo que ocasiona graves problemas de logística. Además, las instalaciones son viejas y se encuentran a menudo en mal estado.

Aún siguen existiendo lugares de detención secreta, a los que se conduce a las personas sospechosas de terrorismo, en particular en el contexto de conflicto armado entre el Gobierno y los grupos comunistas o islamistas. Los reclusos, a veces menores, son sometidos a actos de tortura (ver Violencia y abuso). El Comité de las Naciones Unidas contra la Tortura exigió el cierre de estos lugares en abril de 2016.

Algunos establecimientos optan por compartir la gestión de la vida cotidiana con las pandillas, delegándoles tareas como la vigilancia de los otros reclusos. En la prisión de New Bilibid, hay doce pandillas regionales, cuyos miembros actúan como intermediarios entre la administración y los internos. Este modo de funcionamiento refuerza la violencia e incita a los reclusos a formar parte de estas pandillas: el 95 % pertenece a una pandilla.¹.