Il existe principalement trois types d’établissements pénitentiaires: les établissements pour courtes peines, les prisons nationales et les fermes pénitentiaires.

• Les établissements pour courtes peines regroupent les prisons régionales, départementales et municipales (district, city and municipal jails). Ils accueillent les personnes placées en détention provisoire et celles condamnées à des peines de moins de trois ans. Ils sont régis par le Bureau de gestion des prisons et de pénologie (Bureau of Jail Management and Penology : BJMP), appartenant au ministère de l’Intérieur et des Collectivités locales.

• Les établissements pour peines sont de deux types : les prisons nationales et les fermes pénitentiaires.
  Les fermes pénitentiaires, souvent situées sur des îles, permettent aux prisonniers d’évoluer en liberté sur plusieurs centaines d’hectares. Ces établissements accueillent les personnes condamnées à des peines de plus de trois ans. Une ferme pénitentiaire est une prison ouverte. Les personnes détenues y exercent un métier, qui leur permettra de s’intégrer plus facilement lors de leur libération. Les prisonniers sont identifiés par un t-shirt. Ils dorment dans des baraquements surveillés.

Les fermes pénitentiaires sont situées sur des îles. Leur insularité permet aux personnes détenues de circuler librement dans l’établissement sans risque d’évasion. Le reste des établissements pénitentiaires est réparti sur l’ensemble de l’archipel philippin.
De nombreuses sont placées dans des bâtiments vétustes et précaires. La prison de Kidapawan est une ancienne école abimée dans une zone forestière retirée¹. D’autres sont de petits villages, construits sur des îles, tels que le Centre de détention et de réhabilitation du Negros oriental à Dumaguete ou la prison pour femmes de Davao.

Des personnes sont également maintenues dans les cellules des postes de la Police nationale des Philippines (PNP). La Commission des droits humains (CHR) visite, d’octobre 2014 à février 2015, les postes de police de la capitale. La police maintient en détention les personnes en garde à vue ou des personnes poursuivies durant l’enquête préliminaire. La lenteur et la congestion de la justice rend ces détentions de plus en plus longues. Leur durée légale autorisée, de 36 heures maximum, se compte en jour voire en mois. Il en résulte de graves problèmes logistiques. Les bâtiments sont souvent vétustes et décrépis.

Des lieux de détention secrets continuent à exister. Ils accueillent des individus soupçonnés de terrorisme, notamment dans le cadre de conflits armés opposant le gouvernement à des groupes communistes ou islamistes. Les prisonniers, parfois mineurs, y subissent des actes de torture (voir Violences et mauvais traitements). Leur fermeture est réclamée, en avril 2016, par le Comité des Nations unies contre la torture.

Certains établissements adoptent une gestion partagée avec les gangs. La surveillance des prisonniers peut leur être déléguée pour pallier le manque de personnels. La prison de New Bilibid accueille 12 gangs régionaux. Ils servent d’intermédiaire entre l’administration et les personnes détenues. Cela favorise les violences. 95% des prisonniers appartiennent, en conséquence, à un gang¹.