El Sistema de Registro de Detenidos (SIRED) contabilizó 247 001 reclusos (el 95 % hombres y el 5 % mujeres) en enero del 2016; un 3,5 % de la población interna pertenece a una minoría étnica. La población reclusa masculina aumentó en un 40 % durante la última década; la femenina en un 50 %. Durante ese mismo periodo, la tasa de ocupación a nivel nacional se elevó al 118 %. Se ha constatado un alto índice de sobrepoblación en 212 de los 389 centros penitenciarios existentes en el país. El penal de Topo Chico, en Monterrey, alberga 3685 reclusos, 200 más de los previstos.

Las causas principales del hacinamiento son el abuso de la prisión preventiva y el escaso uso de medidas alternativas a la privación de libertad. El 41.4 % de los reclusos se encuentra en prisión preventiva.
Según Elena Azaola, investigadora del Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESA), un 40 % de las personas en prisión preventiva debería estar en libertad.

El fuero común alberga a un 81% de la población reclusa y el fuero federal un 19 %. Además, la población carcelaria no se distribuye de manera uniforme a lo largo del territorio nacional : un 50 % de los internos se concentra en 30 centros penitenciarios, y siete estados agrupan el 48.5 % de la población carcelaria. Esto hace que algunos penales estén gravemente afectados por la sobrepoblación y otros no. En octubre del 2015, el Reclusorio Preventivo Varonil Oriente albergaba a 12 883 internos, a pesar de tener capacidad para 5604. La tasa de sobrepoblación se elevaba al 229 %.

La Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) contabilizó, en 2015, 11 107 mujeres reclusas, repartidas en 102 establecimientos penitenciarios. Más del 60% de las internas viven en penales mixtos. En algunos centros se constata una separación inadecuada entre sexos; las internas son alojadas en espacios habilitados del área masculina.

Las necesidades ginecológicas y de higiene no son atendidas correctamente.
Las mujeres que reciben visitas íntimas son forzadas a usar dispositivos intrauterinos o inyecciones anticonceptivas.

Según la criminóloga Elena Azaola Garrido, unos 400 menores viven con sus madres en reclusión. En los penales en los que los menores pueden vivir con sus madres, los servicios de guardería son deficientes. En diez establecimientos penitenciarios se prohíbe la presencia de menores de edad.

Además, la criminóloga afirma que el 44 % de las reclusas fueron arrestadas por tráfico de drogas y el 30 % por posesión, sobre todo de marihuana. La mayoría de mujeres ocupaban posiciones subalternas en la cadena del narcotráfico, tenían pocos recursos y eran la fuente principal de ingresos de su hogar.

Tras visitar 77 de los 102 penales femeninos del país, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) denunció, en un informe publicado en el 2014,los maltratos infligidos por parte de los funcionarios y la corrupción generalizada en la que pueden participar internas, internos o miembros del personal ¹.

Según la CNDH, el cartel Los Zetas controla el penal de Topo Chico, que alberga a más de 600 reclusas. Los custodios y reclusos maltratan a las internas y las obligan a tener encuentros sexuales con ellos.

Las internas son obligadas a prostituirse en al menos 20 centros —detalla además dicho informe. Ciertas internas obligan a sus compañeras a pagar para poder beneficiar de protección, utilizar los servicios básicos o acceder a privilegios como una mejor celda, un celular, o un televisor pantalla plana.

En México hay 60 centros de internamiento para menores en conflicto con la ley.

Un informe de la Unicef estableció que, en 2014, unos 13 327 menores estaban cumpliendo una condena (el 94 % niños y el 6 % niñas). Entre ellos, 4558 estaban recluidos en un centro: 92 % por delitos del fuero común y 8 % por delitos graves del fuero federal.

Los menores pueden ser internados en centros a partir de los 14 años, únicamente por delitos graves. El informe de Unicef constató que el 58.1 % de los menores entrevistados tenían entre 17 y 18 años.

Los estados de Jalisco, Sonora y Chihuahua, tienen el mayor número de menores recluidos; la mayoría revelaron haber sufrido la falta de alguno de sus padres, así como de recursos para estudiar, o haber sido víctimas de algún tipo de violencia intrafamiliar.

El Relator Especial sobre la Tortura y Otros Tratos o Penas Crueles de la ONU denunció en 2014 las condiciones de detención en el centro de menores de Monterrey. Los menores, sobre todo los varones, pasan 22 horas encerrados en sus celdas y tienen que pedir autorización para ir a los sanitarios. Internos e internas denunciaron los abusos del personal: como forma de castigo los obligan a hacer ejercicios físicos extenuantes o los aíslan en celdas insalubres durante mucho tiempo, a veces esposados o desnudos. Las mujeres han cumplido sanciones en las que pasan varios días esposadas a un sanitario o una lavandería.

La Comisión Nacional de Seguridad señala que, en enero del 2016, había 2728 extranjeros recluidos en México. Entre ellos, 1205 eran centroamericanos, 842 estadounidenses, 321 sudamericanos, 79 caribeños y los 281 restantes, europeos, africanos o asiáticos.

La mayoría están acusados de crimen organizado o narcotráfico. Los abogados insisten en que las acusaciones no suelen estar bien fundamentadas.

La organización Sin Fronteras afirma que los jueces relacionan la nacionalidad del inculpado con el delito que se le imputa, aún si no hay pruebas suficientes en su contra. A los colombianos se les suele relacionar con el narcotráfico; a los centroamericanos, con pertenecer a los Maras, y a los africanos, con la falsificación de billetes y documentos.

Las autoridades no notifican a las autoridades consulares de inmediato, no proporcionan un intérprete a quienes no hablan español —muchos ignoran incluso el motivo de su reclusión—, y les imponen multas o penas más elevadas que a los mexicanos.

Varios países africanos no cuentan con representación consular en México, por lo que el proceso judicial suele alargarse. Los países centroamericanos que sí cuentan con representación consular, no disponen ni del personal ni de los recursos necesarios para garantizar la adecuada defensa de sus ciudadanos.

La CNDH afirma que 11 extranjeros han presentado una denuncia por malas condiciones de reclusión, por deficiencias en el servicio médico o de alimentación y por impedirles el acceso a periódicos o libros en su idioma.

Al ser liberados e incluso tras haber sido declarados inocentes, los extranjeros son remitidos a estaciones migratorias donde no hay un periodo de retención definido.

La CNDH contabilizó, en el 2015, 8334 indígenas privados de libertad en México; 92 % eran hombres y 6 % mujeres.

Chiapas, Oaxaca, Puebla y Veracruz albergan a 4134 (50 %) miembros de minorías étnicas. La mayoría están recluidos por delitos del fuero común; en el fuero federal hay 702 indígenas. Cuando se les asigna un penal federal, son llevados muy lejos de su lugar de origen, lo que les impide mantener los lazos familiares y termina por agravar su pena.

La CNDH afirma que el 80 % de los indígenas desconoce el motivo de su encarcelación, ya que no entienden el español. Pocas veces se les asigna un defensor público que hable su lengua. Este problema es particularmente grave en los penales de Santo Domingo Tehuantepec y San Juan Bautista Tuxtepec (Oaxaca).

Según la Procuraduría de la Defensa Indígena estatal, en Santa María Ixcotel hay 1132 indígenas presos y solo 81 defensores de oficio —37 de ellos titulados y 44 pasantes.

El Programa de Protección de los Derechos Humanos de Indígenas en Reclusión de la CNDH defiende las garantías de indígenas recluidos, muchos de ellos encarcelados en Chiapas (1247), Oaxaca (1132), Puebla (1028), Veracruz (727), Guerrero (560), Distrito Federal (485), Hidalgo (329), San Luis Potosí (326), Nayarit (276) y Yucatán (262).

La CNDH pidió la revisión de los expedientes de 540 personas, de las cuales 53 lograron obtenerla libertad anticipada (51 hombres y dos mujeres).

Los estados que han otorgado un mayor número de liberaciones tras la revisión de un expediente son: Chiapas, con 23 en el fuero común y ninguna en el federal, y el Distrito Federal, con seis en del fuero común, ninguna del federal. En Nayarit, se concedieron 12 libertades anticipadas, todas del fuero federal. Sin embargo, aún hay 84 indígenas recluidos, dos de ellos no hablan español.

El colectivo LGBTI no es separado del resto de la población reclusa.

El Tribunal Superior de Justicia determina si una persona transexual será enviada a un penal femenino o masculino en función de sus órganos genitales y no de su auto identificación o su status civil. Tampoco son raros los casos en los que una persona trans es asignada a un penal para hombres a pesar de haber realizado una operación de reasignación genital.

La población LGBTI reclusa es objeto de discriminación, acosos y, a menudo, debe prostituirse para poder comprar insumos básicos.

La Comisión de Derechos Humanos del Distrito Federal (CDHDF) condenó, en octubre de 2015, a la Secretaría de Gobierno por “Violación de la integridad física y tratos crueles, inhumanos y degradantes”. El caso concernía a ocho miembros del colectivo LGBTI del Reclusorio Norte (Delegación Gustavo A. Madero), víctimas de malos tratos durante un incendio ocurrido en mayo de 2014. La golpiza propinada por los guardias fue tan fuerte que tres de ellos quedaron inconscientes. Además, fueron enviados a una celda de aislamiento y se les impidió hablar con un abogado. Los custodios los amenazaron de muerte y les ofrecieron dinero a cambio de retirar la denuncia. Aunque este caso tuvo mucha cobertura mediática, no se trata de un evento aislado de malos tratos hacia la población LGBTI reclusa

Diversos organismos internacionales han señalado al Estado Mexicano por la práctica generalizada de detenciones arbitrarias para reprimir protestas sociales y amedrentar a los defensores de derechos humanos y activistas contra proyectos de extracción o infraestructura. Las ONG nacionales indican que hay alrededor de 650 presos políticos en el país^{1 2}.

Ildefonso Zamora, conocido activista contra la tala ilegal de arboles en el Gran Bosque de Agua, fue detenido el 20 de noviembre, acusado de haber cometido un robo. Su expediente no presenta pruebas sólidas en su contra y parece estar motivado por razones políticas. Greenpeace, Amnistía Internacional y el Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro Juárez lo consideran un preso de consciencia.

El Grupo de Trabajo sobre Detención Arbitraria de la ONU solicitó la liberación de Librado Jacinto Baños Rodríguez, recluido de manera arbitraria desde 2013. El grupo de trabajo afirmó que su detención era una represalia contra su activismo a favor de los pueblos indígenas, los afrodescendientes y los derechos humanos en general³.

La ley contempla la liberación anticipada a partir de los 70 años, exceptuando las personas condenadas por delincuencia organizada o secuestro. Pese a esta disposición, 204 reclusos mayores de 70 años permanecen recluidos en penales federales.

El fuero común no publica cifras sobre la edad de los reclusos.

Las personas mayores no son separadas del resto de la población y no benefician de ningún tratamiento adaptado a sus necesidades.

Las personas con discapacidades son recluidas en pequeños módulos dentro de un penal general. Las condiciones de hacinamiento e insalubridad son agravadas por la falta de atención médica adecuada.

En un informe publicado en 2014, el Relator Especial sobre la Tortura y Otros Tratos o Penas Crueles de la ONU califica de trato cruel, inhumano o degradante, las condiciones de los pabellones psiquiátricos de los penales de Topo Chico, La Mesa y Nezahualcóyotl. Alrededor de 4476 internos (1054 declarados inimputables) viven encerrados, y a veces aislados, por falta de recursos y de personal para ocuparse de ellos.