La Direction générale des affaires pénitentiaires est, depuis 1990, sous tutelle du ministère de la Justice. Elle est également en lien avec le ministère de la Sécurité publique car les agents de police pénitentiaire en dépendent.

Le Burundi possède onze prisons, dont une pour les femmes. Il dispose d’environ 400 cachots communaux. Deux centres de rééducation pour mineurs en conflit avec la loi (CRMCL) sont construits en 2015.

Les prisons se répartissent en quatre catégories :

• Catégorie A : six maisons d’arrêt, à Bubanza, Bururi, Muramvya, Muyinga, Rutana et Ruyigi. Les prévenus, détenus pour contravention ou peines de durée inférieure à dix ans y sont enfermés.
• Catégorie B : deux maisons de détention, à Gitega et Ngozi. Elles enferment les condamnés à des peines pour délits de plus de dix ans.
• Catégorie C : deux prisons centrales, celle de Mpimba dans la capitale Bujumbura et celle de Murembwe à Rumonge. Elles enferment les condamnés à des peines criminelles de plus de dix ans et les récidivistes.
• Catégorie spéciale : la prison pour femmes à Ngozi.